Thừa thế chiến thắng, quân Bát kỳ nhanh chóng tiến xuống phía Nam, chiếm luôn Khai Nguyên, Thiết Lăng. Năm 1621, quân Bát kỳ tiếp tục đánh chiếm Liêu Dương, Trung Trấn, Thẩm Dương, khống chế toàn bộ vùng đất phía đông Liên Hà. Cũng trong năm này, Nỗ Nhĩ Cáp Xích thiên đô về Liêu Dương, với mục đích khống chế vùng Liêu Đông. Năm 1622, Nỗ Nhĩ Cáp Xích đánh bại đội quân của Kinh lược Liêu Đông Phùng Đình Bản và Tuần phủ Liêu Đông Vương Hóa Trinh, chiếm giữ trọng trấn Liêu Tây là Quảng Ninh[28]. Triều đình nhà Minh kết tội Phùng Đình Bản thua trận bị xử chém, Vương Hóa Trinh bị hạ ngục.

Sau trận Quảng Ninh, Nỗ Nhĩ Cáp Xích tạm ngưng chinh phạt Nhà Minh, chuyển trọng tâm vào việc chỉnh đốn quân đội, tăng cường binh lực, đồng thời tổ chức quản lý vùng đất mới. Lúc này, hầu hết vùng lãnh thổ phía Bắc Trung Quốc, như Mông Cổ, Nữ Chân, Triều Tiên đều thuộc phạm vi thế lực của ông. Năm 1625, Nỗ Nhĩ Cáp Xích cho đổi tên Thẩm Dương thành Thịnh Kinh và thiên đô sang đây.

Tận dụng thời gian hưu chiến, tướng Nhà Minh trấn thủ thành Ninh Viễn[29] là Binh lược Phó sứ, Hữu Tham chính Viên Sùng Hoán dốc toàn lực để củng cố thành Ninh Viễn thành một cứ điểm vững chắc phía ngoài Sơn Hải quan.

Sau 1 năm nghỉ ngơi chỉnh đốn, tháng 1 năm 1626, Nỗ Nhĩ Cáp Xích dẫn 13 vạn kỵ binh tiến công Sơn Hải quan. Tuy nhiên, dù đơn độc phòng thủ Ninh Viễn ngoài Sơn Hải quan, quân tướng Ninh Viễn cùng chủ tướng Viên Sùng Hoán hăng hái chống cự nên Nỗ Nhĩ Cáp Xích không thể tiến lên được, lại bị đại bác bắn trúng làm bị thương do đó việc công thành phải dừng lại. Viên Sùng Hoán tận dụng thời cơ đốc quân ra thành truy kích. Quân Nữ Chân thua to phải rút về Thịnh Kinh.

Nhận định chưa thể phục thù trận Ninh Viễn, tháng 4 năm đó, Nỗ Nhĩ Cáp Xích tạm đốc quân chuyển hướng sang chinh phục các bộ lạc Mông Cổ chưa chịu quy phục. Tuy nhiên, tháng 5 năm đó, tướng Minh là Mao Văn Long xuất quân ra khỏi quan ải, tấn công An Sơn. Giữa tháng 7, Nỗ Nhĩ Cáp Xích đành phải chấm dứt chinh phục, rút quân về lại Thịnh Kinh. Trên đường rút về, do phát bệnh nặng, ông phải theo thuyền từ sông Thái vào sông Hồn để trở về Thịnh Kinh. Ngày 10 tháng 8[30], khi đi qua một thị trấn nhỏ có tên là De-A Man[31], bệnh tình trở nên trầm trọng nên ông đã lặng lẽ qua đời vào năm 68 tuổi.

Một số tài liệu lịch sử cho rằng cái chết của Nỗ Nhĩ Cáp Xích là do bị thương bởi đại bác Bồ Đào Nha mà Viên Sùng Hoán đã trang bị cho thành Ninh Viễn[32]. Tuy nhiên, căn cứ theo hành trạng của Nỗ Nhĩ Cáp Xích chuyển hướng chinh phục Mông Cổ 3 tháng sau trận Ninh Viễn, các học giả đồng ý nguyên nhân cái chết là do sự lao lực quá độ, cộng với nỗi uất ức đại bại trước một tướng lĩnh vô danh, cộng với tuổi già và thương thế[33]. Thi hài ông được đem về Thịnh Kinh mai táng, gọi là Phúc lăng[34]. Con cháu ông truy tôn miếu hiệu "Thái Tổ".